イスカンダル星での使命を果たし地球へと帰還しようとしていたヤマトは、ひとときの安堵の空気に包まれていた。古代（小野大輔）も、もはや雪（桑島法子 ）への愛情を温めて憚らぬようになった、そんな頃。ガミラスの名将ドメルの死後、生き残ったドメル幕僚団のひとりバーガー（諏訪部順一）は、同期の女性艦長ネレディア（園崎未恵）に救われ、復讐のみを糧にヤマトを追っていた。それに気づかぬヤマトだったが、宇宙の蛮族ガトランティスの大都督ダガーム（大友龍三郎）の艦隊に追尾され、艦の譲渡を求められる。拒絶するヤマトに容赦ない攻撃が降り注ぐが、逃亡のあげく謎の惑星に囚われるに至った。出口を求め、古代らは捜索行に出発する。〔110分〕