太平洋に出現した動く環礁の正体は、米森（伊藤剛志）の調査により伝説の怪獣「ガメラ」だと判明する。一方、九州の孤島では謎の怪鳥が人々を襲うという事件が発生、生物学者・長峰（中山忍）によってその存在が確認され、「ギャオス」と命名されたその生物は政府決定で捕獲されることになる。福岡ドームを利用した大捕獲作戦が行われようとしたその時、福岡にガメラが上陸した。一方、環礁で発見された勾玉を米森から受け取った少女・浅黄（藤谷文子）は、いつしかガメラの巫女として導かれていく……。ガメラが１５年ぶりに復活、現実味あふれるリアルな特撮と脚本が好評を博した。