両親が死んでしまい、人の愛情を知らない１０歳の少女・メアリー。会ったこともないたった一人の親戚である、叔父の元へ預けられるが、毎日が苦痛でしょうがない。そんなある日、彼女は叔父の過去と苦悩を封じ込めた「秘密の花園」を知ってしまう。１０年間封印されつづけたまま、誰をも近づく事が許されなかったその花園の扉におそるおそる手をかけたメアリーが見つけたのは、荒れ放題なのにいい匂いがする庭。。そこは死んだ叔父の妻が愛した庭だった。そして、メアリーはメイドの弟ディコンらと共にその庭をよみがえらせようとする・・ヨークシャーの広大な景色と素朴な空気を感じる映画。