あれから２年。スパイダーマンことピーター・パーカー（トビー・マグワイア）の日常は相変わらず、バイト・大学・スパイダーマン。ニューヨークの平和を守るため、あらゆるところで遅刻しまくりの毎日。いやいや、スパイダーマンでいるのは大変だ。女優として成功したＭＪ（キルスティン・ダンスト）の婚約にショックを受けたピーターは、スパイダーマンを廃業することを決意。しかし、街では核融合の失敗で八本（手）足の怪人と化したドクター・オク（アルフレッド・モリーナ）が暗躍し、親友のハリー（ジェームズ・フランコ）はスパイダーマンへの憎悪をますます募らせているのだった。