時に、西暦1876年。命令とは言え先住民族を虐殺した過去に苦しむ米軍大尉オールグレン（トム・クルーズ）は、明治維新政府に軍事顧問として招かれる。そして彼は、急速な欧米化を進める政府に疑問を感じ、反旗をひるがえした勝元盛次（渡辺謙）の一党を討伐するよう命じられるが、近代装備を有するものの訓練が不充分な軍隊は勝元の軍勢に大敗。オールグレンも捕虜となる。だが勝元の里で囚われの身として季節を過ごすうち、侍の生き様に触れた彼は少しずつ変わっていき…。トム・クルーズ製作＆主演でおくる、ハリウッド入魂の新世紀時代劇大作。（本篇154分）