両親を亡くしたピーター・パーカー（トビー・マグワイヤ）は伯父夫妻に育てられた高校３年生。しかし、片想いの同級生メリー・ジェーン（カースティン・ダンスト）には無視されまくりの冴えない日々。そんな或る日、ピーターは課外授業で行った研究所で遺伝子操作されたスーパースパイダーに手を噛まれて高熱を発した翌日、身体能力に劇的変化が訪れたのだ。一方、ピーター同級生のハリー（ジェームズ・フランコ）の父ノーマン・オズボーン（ウィレム・デフォー）は軍需企業オズスコープの経営者であったが身体能力アップの研究に行き詰まり予算カットの危機を迎えていた…。サム・ライミの監督第１３作。